证件扣押归哪个部门负责

证件扣押的负责部门主要取决于扣押证件的类型和具体情况：

劳动行政部门

根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条和第八十四条的规定，用人单位不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。如果用人单位违反了这一规定，劳动行政部门将负责责令限期退还劳动者本人，并依法进行处罚。

公安机关

公安机关有权扣押与案件相关的证件，例如在办理行政案件或刑事案件时。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》和《中华人民共和国出境入境管理法》，公安机关可以扣押与案件有关的需要作为证据的物品。此外，如果身份证件被用人单位扣押且协商无果，可以报警并由劳动行政部门处理。

建议

如果证件被公司扣押，首先应尝试与公司协商解决。如果协商无果，可以向当地劳动监察大队投诉，由劳动行政部门介入处理。

如果证件涉及刑事案件，例如被公安机关扣押，应配合公安机关的调查，遵循相关法律程序。

请根据具体情况选择合适的部门进行投诉或报警。